Magie existovala již od dob prvních lidí na Zemi. Je tedy vlastně nejstarším náboženstvím (dá-li se to takto nazvat) světa. Byla hojně praktikována a protože v drtivé většině nenarušovala žádné teologické nauky, byla tolerována a uznávána.
Zlom přišel až s křesťanstvím, kdy roku 364 Laodiceaská rada vydala 36. kánon, kterým zakazovala kněžím zabývat se magií, astrologií a matematikou. Další ranou magii byl 4. kánon Rady v Oxii, který od roku 525 zakazoval věřícím přijímat jakékoliv rady od jasnovidců a kouzelníků a předpovídání budoucnosti učinil nezákonným. V roce 692 církev exkomunikovala všechny, kdož se zabývali jasnovidectvím a roku 721 církevní sněm potvrdil platnost těchto sankcí.
Je historickým paradoxem, že předpovídání budoucnosti (tedy jen odhalování budoucích dějů a ne jejich ovlivňování) bylo označeno jako magické, i když k magii vůbec nepatří. Tento přístup velmi názorně dokumentuje přístup církve k magii, který vyvrcholil v době inkvizic.
Dalším paradoxem je, že ačkoliv soukromé praktikování magie bylo nezákonné, církev přejala mnoho theurgických a goetických obřadů (goeteia – nejnižší forma magie, zabývající se např. mícháním lektvarů) a posvětila je. Ostatní prohlásila za zlo, které má kořeny v samotném ďáblovi. Od 7. do 17. století se velmi rozmohla alchymie, která je mylně spojována s magií. Narozdíl od magie vychází alchymie z egyptské teorie hermetiky.
Středověká magie se jako samostatný systém ustanovila ve 12. století na základě neoplatónství (z něhož vychází i kupř. Kabala). Do 13. století církev magii nijak neomezovala, ovšem ve století čtrnáctém převládla v Evropě aristotelovská filozofie, která hlásala, že přirozená magie neexistuje, tudíž její původ musí být buď božský nebo démonický. Církev si samozřejmě vybrala tu horší variantu a od 15. století byli mágové zastrašováni a trestáni, ovšem ne tak ukrutně jako kouzelníci a čarodějové, kteří byli jako kacíři upalováni.
Svého rozkvětu se středověká magie dočkala v období renesance; jejími čelnými představiteli byli např. Agrippa von Nettsheim, Paracelsus a John Dee (spolupracovník známého média a šarlatána Edwarda Kellyho).
V 17. a 18. století se oblibě těšily různá tajná bratrstva, jako např. Svobodní zednáři či Bratři růžového kříže. Populární byly rovněž zaklínací knihy.
